蘇州的吳門醫派是中醫學中的一個地域性流派，因為有“名醫多、古籍多、溫病學派的發祥地”這些美譽而名聞天下，世稱“吳中醫學甲天下”。吳門醫派是元末明初戴恩恭來吳行醫后開始形成發展起來的。因為他是一個綜合各家名醫經驗的杰出人物，所以在蘇州中醫學界聲望較高，以后，由吳中“本土化”醫家王仲光等的推動，數百年來出了不少名醫，多有杰出之輩。“有聞名邦國者；有飲譽鄉里者；有創造發明著書立說而成為一代宗師者；有精于脈理、善診妙治留芳千百醫案者；有廣注闡解經典者；有專論克治時病者；有精通諸科者；有獨善一枝者。總觀諸賢，不唯醫道高超，且皆醫德隆厚”。以后，遂發展形成了一個相當規模，且具影響的吳門醫派。
吳門醫派在中國醫學史上占有重要地位，與蘇州溫病學派的興起密切相關。在溫病學說形成之前，一般醫家都遵從張仲景的《傷寒論》六經傳變的論證方法，進行辨證論治。吳中地區地處東南卑濕之地，是瘟疫、溫病的屢發地區，因為溫病的病因、發病、傳變過程和治療原則不同于傷寒，故運用治傷寒的方法來治療瘟疫、溫病療效不佳。因而以吳有性、葉天士、薛生白、繆遵義等一批吳中名醫，在大量的臨床實踐基礎上，創立戾氣學說與溫病學說，葉天士的《溫熱論》揭示了不同于《傷寒論》的"衛、氣、營、血"辨證綱領。溫病學派重視基礎理論，善于吸取眾長，敢于發明創新，處方用藥注重實效，具有"輕、清、靈、巧"的特色。從此，溫病學說從病因病機到辨證施治有了較完整的理論體系，對祖國醫學的發展具有十分巨大的影響。并于相當長的時期內，在抗感染治療學方面居世界科技領先的地位。
吳地不但名醫眾多,中藥材也有許多特色。
南北朝時，陶弘景《名醫別錄》中記載：“蜈蚣，生江南大吳，赤頭足者良。”后世遂有“舍蘇蚣，均不可用”之說。
唐朝詩人王維有“遙知兄弟登高處，遍插茱萸少一人”之詠，其中提到的茱萸，也是一味有溫中止痛特殊療效的中藥，中醫用之可以治療厥陰頭痛，陽明嘔逆，少陰下利，一藥治多病，說明一味茱萸非比尋常。《中國藥物大詞典》稱“本品南北皆可，入藥以吳地為佳，故名”。相傳唐鑒真和尚東渡日本，曾把吳地茱萸帶到了日本，以后日本也有培育種植，但遠不及中國出產的質量上乘。
意大利旅行家馬可波羅，元代時到過中國，他在《行紀》中寫到蘇州，說：“此城亦有文士、醫師甚眾。”還說：“此城附近山中饒有大黃，并有姜，其數之多，物搦齊亞錢一枚可購六十磅。”可見這兩味常用的中醫藥物在蘇州落戶，也有很久遠的歷史了。
蘇州有良好的自然條件，地產藥材資源相當豐富，四小藥材（小草藥、小花果、小動物、小礦物）盛名于世。此外還有蘇薄荷、醉仙桃、九空子、佛耳草、掛金燈、卷柏、穹隆術、燈心草、枳殼、青皮、蘆根、荷葉、綠梅花、芡實、香櫞、蜈蚣、地龍、烏梢蛇、珍珠等吳地藥材。就是玫瑰花也有“蘇地色香俱足，服之方能有效”的聲譽。
